1. 改正の背景

2025年11月19日、所得税法施行令の一部改正が公布され、翌20日から施行されました。物価高騰や交通費の増加を踏まえ、2025年の人事院勧告により公務員の通勤に要する費用負担を軽減するため、通勤手当の非課税限度額を引き上げることに伴い、民間の企業が支給する通勤手当についても同様の改正が適用されることになったものです。改正されるのは、自動車や自転車などの交通用具を使用する場合の限度額についてで、通勤距離が片道10km以上の通勤手当です。

2. 改正の内容

改正後の非課税限度額は、2025年4月1日以降に支払われるべき通勤手当に適用されます。改正前後の比較表は図1のとおりです。
（図1）

出典：国税庁HP「通勤手当の非課税限度額の改正について」

改正後の非課税限度額は、2025年4月1日以降に支払われるべき通勤手当に適用されることになったため、以下のケースで支給される（された）ものには、改正後の非課税限度額は適用されません。

1. 2025年3月31日以前に支払われた通勤手当
   ※4月以降分を3月31日までの支給日に支払っていたものを含む

2. 2025年3月31日以前に支払われるべき通勤手当で2025年4月1日以後に支払われるもの
   ※3月分として、4月1日以降の支給日に支給されたものを含む

3. (1)または(2)の通勤手当の差額として追加支給されるもの
   ※ただし、(2)の場合で、2025年4月に遡って給与改定し、2025年11月20日以降に4月の支給日以降分の通勤手当の差額を追加支給する場合は、改正後の非課税限度額が適用される

3. 実務対応のポイント

1. 対応の要否の確認方法

   図1で確認できるように、通勤距離が10km未満の非課税限度額についてと交通機関や有料道路利用に対して支給する通勤手当についての改正はありません。

   改正への対応が必要なケースは、以下のいずれにも該当する場合です。

   • 交通用具についての通勤手当を支給している
   • 片道10km以上の通勤者に課税通勤手当を支給している

2. 年末調整での対応方法

   対応が必要な場合、年末調整での精算が必要となります。以下の手順で精算します。

   1. 4月以降に支給済みの通勤手当について、改正後の非課税限度額の差額を月ごとに算出し、合計する
   2. 年末調整で「給与・手当等」で集計された金額から(1)の金額を差し引く
      ※11月20日以降の支給日で改正後の非課税限度額を適用し支給した月についての精算は不要

   国税庁のHPでは、図2のように源泉徴収簿での記載例が公開されています。
   （図2）
   
   出典：国税庁HP「年末調整で精算する際の源泉徴収簿の記載例」

   なお、給与ソフトで正しく年調税額が算出できるのであれば、国税庁の源泉徴収簿の記載例のように、新たに非課税となった金額とその計算根拠の記載を省略しても構わないことになっています。お使いの給与ソフトの対応を確認しておきましょう。

3. 退職者への対応

   2025年の途中で退職し、既に源泉徴収票を発行した従業員について、改正により対応が必要な場合、源泉徴収票を再発行しなければなりません。年末調整で精算する場合と同様に、支払済みの金額から非課税限度額の差額を再計算し、「支払金額」欄を訂正し、源泉徴収票を再発行します。その際、「摘要」欄に「再交付」と記載します。

まとめ

今回の改正は、従業員にとって負担軽減となる一方、企業には年末調整での追加対応が求められます。年末調整計算の時期と重なり、実務担当者の負担が重くなっています。特に、4月以降に支払った通勤手当の課税処理を見直す必要があるかどうかを早急に確認しておきましょう。

年末調整に関する実務対応については、以下の記事もあわせてご参照ください。