1. 年末調整の電子化とは？

年末調整の電子化とは、従業員が提出する各種申告書や控除証明書類を紙ではなく電子データで提出し、企業側も電子データで処理する仕組みを指します。

これまでは、申告書類を紙で配布・回収し、担当者が手作業で内容を確認・入力することが一般的でした。しかし、年末調整業務の煩雑さや負担の大きさを背景に、政府も電子化を推進してきました。

実際に、2020年10月からは生命保険料控除証明書などの控除証明書データを活用した電子年末調整が可能となり、従業員がマイナポータルを通じて取得したデータをそのまま申告書へ反映し、企業へ提出できるようになっています。

また、近年では扶養控除等申告書や配偶者控除等申告書など、年末調整に必要なほとんどの申告書類が電子提出可能となりました。
保険料控除証明書や住宅ローン控除にかかわる年末残高証明書なども電子データで提出できるため、従業員側に利便性が高まりつつあります。

ただし、一部の書類については電子データでの提出が認められておらず、従来通り紙での提出が必要です。

例えば、居住開始が2018年（平成30年）以前の住宅ローン控除証明書や、国外居住親族に関する親族関係書類などは引き続き書面での提出が求められます。

このように年末調整の電子化は、従業員と企業双方の負担を減らし、業務効率化や人的ミスの防止につながる手段として、今後ますます導入が進んでいくでしょう。

2. 電子化して提出できる年末調整書類

年末調整の電子化により、従業員が提出するほとんどの申告書類や控除証明書を紙ではなく電子データで提出できるようになりました。具体的には、以下の書類が電子化に対応しています。

書類名	内容	記入ポイント
給与所得者の基礎控除申告書	基礎控除額を申告するための書類	扶養控除等申告書と一体型様式の場合も電子提出可能
給与所得者の配偶者控除等申告書	配偶者控除・配偶者特別控除の申告書類	配偶者の所得金額を入力するため、電子化で記載ミス削減
所得金額調整控除申告書	子育て世帯や障害者雇用者の所得控除申告書	一体型様式として提出するケースが多い
給与所得者の保険料控除申告書	生命保険料・地震保険料・社会保険料控除などを申告	保険料控除証明書とデータ連携可能
住宅借入金等特別控除申告書 （年末調整用）	住宅ローン控除を受ける際に必要	居住開始が2019年以降の場合、証明書も電子データ対応

また、申告書に添付する控除証明書類についても、現在は多くが電子データでの提出に対応しています。

• 生命保険料控除証明書
• 地震保険料控除証明書
• 社会保険料控除証明書
• 住宅借入金等特別控除証明書（年末残高等証明書）

これらの証明書は、各保険会社や金融機関からマイナポータル経由でデータ取得できるため、従業員は自宅のPCやスマートフォンで簡単にダウンロードし、年末調整システムへ連携できます。

3. 年末調整を電子化するメリット

年末調整を電子化することで、企業・従業員双方に以下のようなメリットがあります。

引用：国税庁_年末調整手続の電子化及び年調ソフト等に関するよくある質問（ＦＡＱ） （令和６年 12 月改訂版）

企業側のメリット

企業の担当者にとっては、業務負担が大幅に軽減されるというメリットがあります。

従来、申告書の配付準備や従業員からの回収、内容確認、給与システムへの手入力など、多くの工程を手作業で行う必要がありました。

電子化することで、申告データはWeb上で提出され、そのままシステムに取り込めるため、入力作業が不要となります。
記載内容のチェックも、システム上で不備が自動検知されるため修正依頼や確認にかかる時間が大幅に削減されます。

さらに、提出書類が電子データで管理できるようになるため、紙書類を保管するためのスペースも不要になります。

テレワーク中でも年末調整業務を進められる点も、現代の働き方に即した大きな利点と言えるでしょう。

このように、年末調整を電子化することで、従業員は記入作業の負担から解放され、担当者も煩雑な業務から解放されるため、企業全体の業務効率化と生産性向上につながるのです。

従業員側のメリット

従業員側のメリットとしては、手続きの簡便化が挙げられます。

従来、紙の申告書に記入する際は、控除額の計算や必要項目の記載漏れが発生しやすく、記入方法がわからないことで担当者へ問い合わせるケースも少なくありませんでした。

また、生命保険料控除証明書なども紙で提出する場合、紛失や提出忘れが起こりがちです。

電子化すれば、Web上でガイドに従って入力できるため記入漏れが防止でき、控除額計算も自動で行われるため計算間違いの心配がありません。

さらに、マイナポータルに対応する保険会社から電子データとして控除証明書をまとめて取得できるため、紙で保管する必要がなく、紛失しても再取得しやすいという利便性もあります。

4. 年末調整を電子化するために必要な準備

年末調整を電子化するためには、いくつかの準備を段階的に進める必要があります。

1. 年末調整対応システムの導入検討

従業員から申告書類を電子データで提出してもらうためには、対応するシステムやクラウドサービスの導入が不可欠です。

例えば、国税庁が提供する「年調ソフト」や、民間企業が提供する年末調整電子化サービスがあります。

システムを選定する際には、

• 従業員が使いやすい入力画面であるか
• 自社の給与計算システムとデータ連携可能か
• マイナポータルとの連携機能があるか

といった視点から比較検討しましょう。

サービスによって、入力方式やデータ授受方法、給与計算システムへの取り込み手順が異なるため、導入前に運用イメージを固めておくことが重要です。

 

2. 社内規程やシステム環境の整備

電子データで申告書類を回収する場合、現在の運用ルールを見直す必要があることもあります。

例えば、

• 文書管理規程や就業規則の改定
• 会計システムが電子申告に対応しているかの確認
• 必要に応じたシステム改修やバージョンアップ

これらは電子化運用をスムーズに進めるための基盤整備となります。

特にマイナポータル連携を活用する場合には、対応する給与・会計システムへの改修が必要となるケースもあるため注意しましょう。

就業規則の見直しポイントについては以下の記事もあわせてご参照ください。

3. 従業員への周知とサポート体制の構築

電子化を円滑に進めるためには、従業員への周知も欠かせません。

従業員側でも、

• 年調ソフトのインストール（利用する場合）
• マイナポータルの利用準備（マイナンバーカード取得や電子証明書設定）
• 保険会社への電子控除証明書発行依頼

などの手続きが発生します。準備には時間がかかることもあるため、少なくとも2カ月前には電子化の流れを説明し、申告データ作成方法や取得方法を丁寧に案内しておくと安心です。

 

4. 税務署への承認申請

年末調整の電子化にあたり、所轄税務署への承認申請が必要となる場合があります。

具体的には、

• 電子データで受け取った申告書を正式書類として保存するための届出
• 電子署名などを活用して従業員本人を確認する方法の整備

といった対応が求められます。申請書類の内容や提出期限については、事前に確認しておきましょう。

まとめ

以上、年末調整の電子化について、仕組みや対応書類、導入するメリット、そして準備のポイントについて解説しました。

年末調整業務は、企業にとっても従業員にとっても毎年大きな負担となる業務のひとつです。だからこそ、電子化を導入することで業務効率化や人的ミスの削減を実現できるだけでなく、従業員の利便性向上にもつながります。
今後ますますデジタル化が進む中で、年末調整業務の電子化は企業にとって重要な取り組みの一つとなるでしょう。

また、年末調整後の確定申告手続きについては以下の記事もあわせてご参照ください。

本記事を参考に、自社に適したシステム導入や運用体制の検討を早めに進めてみてはいかがでしょうか。